才华横溢却屡遭退稿的漫画家徐克，在雨夜遭遇车祸，意外撞见披着嫁衣、神情凄楚的女鬼小倩。原来小倩本是富家千金，成婚当日遭歹人害命，含怨而终，魂魄滞留人间，因执念未消无法投胎。徐克初见小倩时惊恐万分，却发现这女鬼天真烂漫，对现代世界一无所知，竟连电灯、电话都视为妖法。资深女鬼阿婆的突然出现，打破了一人一鬼的平静生活。阿婆生前是妓院老鸨，死后修炼百年，精通各种鬼界规矩。她见小倩懵懂无知，便收其为徒，教她如何躲避鬼差追捕、如何吸食香火、如何在月光下凝形。两个女鬼同住徐克家中，闹出无数啼笑皆非的乱子，却也渐渐揭开小倩死亡的真相——背后竟牵涉一桩二十年前的灭门惨案。随着鬼差追魂期限逼近，小倩的魂魄开始日渐消散。徐克翻阅古籍，得知唯有在鬼门关开启之夜，以阳间至亲之血画成招魂幡，方能助鬼魂重入轮回。他翻出小倩生前遗留的绣帕，发现上面绣着与自己童年记忆完全吻合的图案，原来两人前世早有婚约。为救爱人，徐克不惜折损阳寿，在月圆之夜以血为墨，绘出百鬼夜行图，与鬼差展开终极对决。最终，小倩在徐克怀中安然消散，留下未完成的画稿，成为人间最后的思念凭证。