1889年，工业革命蓬勃发展，欧洲列强在亚非展开殖民掠夺，战争阴云密布。在巴黎万国博览会上，酷爱发明的14岁少年让结识了来自马戏团的少女娜蒂娅。娜蒂娅随身携带的一颗神秘蓝宝石，引来了一群身份不明的强盗的追杀。为躲避追捕，让和娜蒂娅搭乘飞行器意外升空，开始了横跨欧亚非的逃亡之旅。途中，他们结识了天才船长巴蒂斯图和他的船员们，也遭遇了神秘组织"亚特兰蒂斯"的阻挠。随着冒险深入，娜蒂娅的身世逐渐浮出水面——她竟是传说中失落的亚特兰蒂斯王国的后裔，而那颗蓝宝石正是开启古老文明遗产的钥匙。与此同时，野心勃勃的军事狂人加戈尔企图利用亚特兰蒂斯的超级科技统治世界。让和娜蒂娅必须联合新伙伴，阻止这场灾难。在旅途中，两人的友情逐渐升华为懵懂的爱情，而娜蒂娅也必须在人类与亚特兰蒂斯后裔的双重身份间做出抉择。这部由GAINAX制作的经典科幻动画，融合了凡尔纳式冒险、浪漫爱情与深沉思考，以精良的画面和动人的剧情，讲述了一段关于成长、信念与爱的传奇故事。