《四月一日灵异事件簿第二季》延续了第一季的奇幻悬疑风格，继续讲述高中生四月一日君寻的灵异冒险。君寻天生拥有能看见并吸引鬼怪的体质，为此他常常陷入麻烦之中。一次偶然的机会，他进入了次元魔女壹原侑子开设的神秘店铺，并开始在那里打工，以换取实现愿望的机会。本季中，君寻与好友百目鬼、小葵的关系进一步深化。百目鬼拥有驱除妖魔的能力，是君寻在灵异事件中最可靠的伙伴；而小葵则天生带有招来不幸的体质，这使得她与君寻的相处充满波折。三人共同面对各种离奇的委托，包括人偶作祟、梦境侵蚀、时间轮回等复杂事件，每一个事件背后都隐藏着人性的执念与遗憾。随着剧情推进，君寻逐渐意识到自己与侑子之间存在着深刻的联系，他的体质、过往以及未来都似乎被命运之线紧紧缠绕。侑子看似玩世不恭，实则对君寻有着特殊的关注与考验。本季在单元剧与主线交织中，深入探讨了“愿望”“代价”与“选择”的主题，最终以侑子消失的震撼结局收尾，为后续故事埋下重要伏笔。