在遥远的未来，地球表面已被荒废，人类被迫移居至巨大的移动要塞都市“种植园”中，依靠高度发达的科技维持文明。然而，未知的巨型生物“叫龙”不断袭击人类，为了对抗它们，人类制造了名为“FRANXX”的巨型机器人，但只有由少男少女组成的“搭档”才能驾驶。故事的主角是代号为“666”的少年广，他曾是备受期待的驾驶员候补，却因一次事故而失去驾驶资格，沦为“无用之人”。直到某天，他遇到了神秘而危险的少女“零二”——一位被称为“搭档杀手”的特别驾驶员。零二的出现让广重新燃起驾驶FRANXX的渴望，两人组成搭档后，广不仅找回了战斗的勇气，也逐渐发现FRANXX、种植园以及人类未来的巨大阴谋。在战斗与成长中，广和零二与其他驾驶员伙伴们一起，探索着“爱”与“存在”的意义。他们逐渐意识到，自己不仅是武器，更是拥有情感和梦想的人类。而他们生存的“种植园”，不过是更大的谎言的一部分。随着与叫龙的战斗升级，关于人类起源、世界真相以及“天空”的秘密，也将一一揭晓。