《暗杀教室第二季》接续第一季剧情，3年E班在经历南国小岛与鹰冈的生死对决后，与杀老师之间的信任与羁绊愈发深厚。尽管暗杀任务仍在继续，但师生间的互动已从单纯的敌对转为充满默契与温情的日常。新学期开始，学生们迎来新的挑战：来自E班内部的“死神”二代目突然现身，其真实身份竟与茅野枫的过去紧密相连，而这也揭开了杀老师与“死神”之间尘封多年的恩怨纠葛。随着剧情推进，学生们逐渐意识到，杀老师不仅是暗杀目标，更是他们成长路上的引路人。在一次次任务与日常中，他们学会了勇气、责任与团队合作。与此同时，政府高层与神秘组织的阴谋步步紧逼，杀老师毁灭地球的倒计时仍在继续。最终，在毕业考试与暗杀期限同时来临之际，3年E班全体成员必须做出抉择：是完成暗杀任务，还是拯救他们最敬爱的老师？一场关于友情、牺牲与未来的终极之战就此展开，而杀老师真正的身份与目的，也将在此刻揭晓。