故事发生在全球变暖加剧、碳税成为世界核心货币的21世纪中叶。联合国强制削减二氧化碳排放，经济体系随之转向碳贸易。一场大地震摧毁关东地区后，东京因无力缴纳巨额碳税，被改造成全球最大的“密林区”——一座被森林覆盖、充满变异生物与旧文明遗迹的生态都市。少女国子（国子）从故乡来到这座森林都市，她体内潜藏着与“阿特拉斯计划”密切相关的特殊基因。该计划表面负责重建东京与监督政府，实则暗中进行人类基因改造实验，试图创造适应新环境的“新人类”。而反抗组织METAL AGE则视阿特拉斯为破坏自然的元凶，不惜以武力对抗。随着国子逐渐接触各方势力，她发现自己不仅是计划的钥匙，更是改变世界命运的关键。在森林的呼唤、组织的利用与政府的阴谋中，她必须选择自己的道路，而这场选择将决定人类能否在崩溃的生态中延续文明。