故事发生在科技崩坏、秩序瓦解的世纪末，人类文明在战争与灾变中苟延残喘。城市沦为废土，幸存者在绝望中挣扎求生，而暗处更潜伏着觊觎世界的邪恶组织。少女丽魔从实验室的废墟中苏醒，她拥有超越常人的念动力与再生能力，却失去了全部记忆。她唯一记得的，是胸口那枚刻着奇异符号的吊坠，以及一个模糊的名字——世纪末的救世主。在流浪途中，丽魔结识了落魄的机械师铁、以及拥有预知能力的盲眼少女幽幽。三人结伴同行，对抗着不断袭来的变异兽与军阀势力。每一次战斗，丽魔的力量都会觉醒一部分，但随之而来的，是更多关于自身起源的谜团。原来，丽魔是旧时代“方舟计划”的最终产物，她的细胞中封印着足以净化世界的“圣火”能量。然而，邪恶组织“黑日”却想利用她体内的能量，重启毁灭世界的超级兵器。当真相逐渐浮出水面，丽魔必须在毁灭与重生之间做出抉择。最终决战在废弃的卫星城塔顶展开，丽魔以燃烧自身生命为代价，释放了全部圣火。光芒吞噬黑暗，世界迎来新生。而丽魔的身影，则在光芒中化为无数光点，散落大地，成为世纪末最后的传说。