玛雷帝国与中东亚联合的战争持续多年，为扭转颓势，马加特元帅决定发动突袭帕拉迪岛的计划，夺取始祖巨人之力。与此同时，莱纳、吉克等战士队成员在故乡背负着沉重使命，而岛上的艾伦、三笠和阿尔敏则逐渐逼近海对面的真相。在最终季Part.2中，艾伦已觉醒进击巨人与始祖巨人之力，他秘密联合吉克，意图发动地鸣毁灭世界。然而，调查兵团与马莱战士队因各自信念而分裂，昔日的战友沦为敌人。玛雷与帕拉迪岛的全面战争一触即发，无数平民在炮火中丧生，少年们被迫在牺牲与救赎间做出抉择。战局中，阿尔敏试图以对话化解仇恨，三笠则在守护与放手之间挣扎。随着战锤巨人、颚巨人与兽巨人的登场，巨人之力背后的真相逐渐浮出水面。最终，艾伦踏上不可回头的道路，而帕拉迪岛的命运、世界的存亡，都系于一场赌上一切的决战。当自由之翼染上血色，人类的未来将何去何从？