幕末乱世，绯村剑心作为“刽子手拔刀斋”投身维新运动，以飞天御剑流剑术斩杀无数敌人，成为维新志士最锋利的刀刃。然而，明治维新成功后，新时代的和平景象却让他深刻反思杀戮的意义。他决意放下杀戮之刀，转而使用逆刃刀，立誓以剑护人，从此浪迹天涯，寻求灵魂的救赎。在东京神谷道场，剑心与开朗坚韧的少女神谷薰相遇。薰的善良与信念让他感受到久违的温暖，二人逐渐建立起深厚的羁绊。然而，平静的生活被接踵而来的危机打破：昔日同伴志志雄真实企图以武力颠覆新政府，而剑心过去的敌人也纷纷寻仇而至。面对强敌，剑心不得不再次拔剑，但他始终坚持不杀之誓，用逆刃刀守护身边之人。在与志志雄、雪代缘等强敌的较量中，剑心不断直面自己过去的罪孽与内心的阴影。他逐渐明白，真正的赎罪并非逃避过去，而是在当下用行动守护珍视的和平与幸福。最终，剑心在战斗与羁绊中找到了属于自己的答案，与薰和伙伴们一同迈向崭新的未来。